אני מניח שבאיזושהי נקודה כל סדרה גדולה צריכה לעשות שינוי באווירת המשחק, אפילו זמני. בדרך כלל, המפתחים רוצים ליצור עלילה יותרבוגרת ואפלה, כדי לשנות את האווירה הרגילה של הסדרה. מסתבר שכך חשבו גם בחברת משחקי הוידיאו האגדית Capcom, והסדרה אשרזכתה למעבר הזה הייתה לא אחרת מסדרת הדגל שלה: מגה מן. כתוצאה, לאחר צפייה רבה למשחק של "המפציץ הכחול" שיפותח לאחת מקונסולות הדור הרביעי, קיבלנו ב- 1993 לקונסולת ה-SNES משחק, שלמרות שאינו חלק מהסדרה הקלאסית של מגה מן, השפיע עד כדי כך שהוא פתח תת - סדרה שלמה משל עצמו: Mega Man X .

העלילה מתרחשת בשנת 21XX, כמאה שנים לאחר התרחשות עלילת סדרת המשחקים המקורית. עידן שיתוף הפעולה בין ה- Reploids (רובוטים דמויי אדם המסוגלים לחשוב בעצמם תודות לטכנולוגיה מתקדמת) לבני האדם בעיצומו, אך רפלוייד אחד בכיר בצבא ה-Maverick

Hunters (רפלויידים המתוכנתים להילחם בבוגדיהם, המאבריקים) העונה לשם Sigma, מחליט לשים קץ לעידן הזה ומגייס לשורותיו ציידי מאבריקים רבים.

אחד מהרפלויידים הבודדים שנשארו נאמנים לבני האדם היה מגה מן X, יצירתו האחרונה של Dr. Light אשר נמצאה ע"י אדם בשם Dr. Chain.  מגה מן X (לצורך העניין אקרא לו X) מחליט לסיים את המהפכה שמוביל סיגמה ויוצא לעצור אותו ביחד עם צייד מאבריקים אחר בשם Zero.

הדבר הראשון שאלה ששיחקו לפני בסדרת מגה מן המקורית יופתעו ממנו, הוא שלא ניגשים מיד למסך הבחירה של ה-Robot Masters (מאבריקים בסדרת ה-X). לא, הפעם יש זירת הקדמה קצרה, שמלבד לתת לשחקן להתרגל לשליטה המעט שונה מהמשחקים המקוריים, תספק כמות די גדולה של מידע ודיאלוג על המתרחש. בזירה גם תפגשו לראשונה את זירו (שבצער רב, אינו שחיק) ואת Vile, אחד מאויביו המשפיעים והמוכרים ביותר של X לאורך הסדרה. שניהם לוקחים חלקים גדולים בעלילה ודיאלוג איתם יתבצע מספר פעמים במהלך המשחק.

לאחר שמשלימים את הזירה הזו, תהיה גישה לבחור באיזה מאבריק תרצו להלחם. באספקט זה, מגה מן X לא שונה בהרבה מקודמיו בסדרה מגה  מן המקורית, מכיוון שעדיין יש את אלמנט ה"אבן, נייר ומספריים" שייחד את הסדרה ממשחקי פלטפורמה אחרים. למה הכוונה? כשמביסים מאבריק, מקבלים את הנשק שלו. נשק זה, מלבד העובדה שהוא שונה בצורת ההתקפה מהיריות הרגילות של ה- X Buster(הנשק הרגיל של X, אותו ניתן לטעון לקבלת ירייה חזקה יותר והוא אינו מוגבל בתחמושת), יכול להשפיע באופן שונה על אויבים וחפצים מסוימים.

ההשפעה הזאת קריטית במיוחד כשמדובר בבוסים. כאשר תקבלו נשק מבוס מסוים, הנשק יהיה אפקטיבי ביותר נגד בוס ספציפי אחר, וכאשר תקבלו את הנשק של הבוס הנ"ל תוכלו לגרום יותר נזק לבוס אחר וכך הלאה. זה יכול להיות מעט בעייתי, בגלל העובדה שאין שום אמצעי שיעזור לכם למצוא את הסדר הנכון, ואינטואיציה אישית לא תמיד תעזור, היות ולא כל הנשקים מבוססי אלמנטים. בסופו של דבר, אספקט זה לא גורע כמעט מהמשחק, ולאחר שתגלו את הסדר הנכון, תוכלו לסיים את המשחק מחדש ולהרוג את הבוסים ביתר קלות.

X זכה לקבל גם כמה מהלכים ויכולות חדשות שמגה מן המקורי לא זכה להם. הדוגמה הטובה ביותר תהיה מהלך ה-Wall Jump, אותו מקבלים מהתחלת המשחק. מהלך זה ייתן ל-X את היכולת לקפוץ מספר בלתי מוגבל של פעמים על קיר מסוים. יכולת זו תשמש את X לא רק לטיפוס למקומות גבוהים יותר של השלב, אלא גם תציל אותו במקרה של נפילה, במידה ויש קיר סמוך.

בנוסף למהלך הזה, ישנן ארבע קפסולות שהשאיר דוקטור לייט, המכילות שדרוגים ש-X יכול לאסוף. בין השדרוגים הנוכחים במשחק הוא מהלך ה-Dash המפורסם, שייתן ל-X את היכולת לגביר את מהירותו ולצבור יותר תנופה במהלך קפיצה, והוא ללא ספק השדרוג השימושי ביותר במשחק. ברוב המקרים, הקפסולות מוחבאות היטב, ותצטרכו להשתמש ביכולות ש-X אסף מקפסולות אחרות על מנת להגיע אליהן, שזוהי משימה שאין להקל ראש בה.

בנוסף לשדרוגים ולמהלכים שניתן לקבל, ישנם עוד שני סוגי אביזרים שתוכלו למצוא. האביזר הראשון הוא ה- Heart Tanks, שמונה מיכלים בצורת לב (מן הסתם) המפוזרים ברחבי השלבים אשר יגדילו את קיבולת מד החיים של X, בדומה למשחקי RPG רבים.

האביזר השני שניתן לקבל הוא ה-Energy Tanks (שנקראים בסדרת ה-X גם Sub Tanks), שימלאו את מד החיים של X לגמרי. ה-Energy Tanks היו נוכחים בסדרה המקורית אך הפעם ניתן למלאם ולהשתמש בהם פעם נוספת.

אלמנט נוסף שחשוב לציין (שגם הוא לא היה נוכח בסדרה המקורית) הוא העובדה שאם תשלימו שלבים מסוימים לפני אחרים, תהיה לכך השפעה על הפרטים הגראפיים והפיזיים בשלבים אחרים. למשל: במידה תשלימו את השלב של Chill Penguin לפני השלב של Flame Mammoth, כל הלבה בקרקעית השלב תהפוך לקרח, עליו ניתן ללכת מבלי להיפגע (מה שעושה את השלב להרבה יותר קל).