בהמשך לעלילת המשחק הראשון פורד מנסה להימלט מאשדת הקידוח דרך פורטל אך הוא מאבד את הכרתו לחלוטין. זמן מה לאחר מכן הוא חוזר להכרתו ומגלה כי נטמן לו מערב על ידי 2 עובדים במקום והוא מובל במתחם אל איזור לא ידוע.

בעודם חוצים את המסדרונות אל מעמקי המבנה יצור מיימי עתיק אשר נקרא Leviathan מתחיל בהתקפתו והמצב משתנה לחלוטין, שכן סכנת חיים שוב רובצת על המין האנושי והכל באשמתו של פורד אשר הגביר את זעמם של החייזרים.

פורד נחלץ משוביו, עושה את דרכו לראש מגדל אשדת הקידוח ומשמיד את היצור הנורא. מכאן הוא יוצא למסע חזרה אל כדור הארץ במשימת השמדה של החייזרים אשר תפסו נחלה ומסתתרים שם תוך שהם מכלים את האוכלוסיה האנושית.

בקרב הזה אנחנו נכיר נשקים חדשים אשר יאפשרו לנו להשיג ייתרון על פני היצורים הלא אנושיים הללו ואלו כמה מהם: